一、土壤板结
由于长期施用化学肥料，导致土壤结构被破坏，而且土壤有机质含量普遍不高，严重影响土壤微生物的活性，从而影响土壤团粒结构的形成，从而造成土壤板结。
主要危害
土壤板结造成土壤孔隙度降低，土壤中的含氧量低，根系活力下降，呼吸减弱，严重影响根系对养分的吸收
二、土壤肥力低下
植物生长需要17种营养元素，常规生产中，只重视大量元素的使用，而忽视中微量元素的投入，造成土壤中微量元素耗竭，大量元素富集。
主要危害
肥料成本投入越来越多，果蔬产量和品质不但不提高，反而呈下降趋势，而且容易出现缺素症状。
三、土壤有机质含量低
由于化肥的过量使用和作物的复种指数增加，导致土壤有机质严重不足
主要危害
土壤保水保肥能力不足，土壤的渗透性及缓冲性能降低，严重影响作物产量。
四、土壤酸化
由于长期大量使用酸性肥料，使得土壤PH值降低，严重地区PH值在5以下
主要危害
酸化后的土壤有益微生物数量大幅度降低，有害微生物和线虫数量增加，导致土传病害发病率增加，另外，肥料利用率在中性和偏酸性下最高，PH值过低，养分的利用率会显著降低。
五、土壤盐渍化
过量使用化肥和未腐熟的有机肥，导致土壤含盐量上升，并且温室灌水量大，使得土壤深层的盐分随着水分蒸发而聚集到土壤表层。
主要危害
造成作物的盐离子生理毒害和生理干旱，同时影响作物对养分的吸收。
六、土壤污染严重
土壤污染物的来源主要是化肥、农药、农膜、未腐熟的有机肥以及病株残体等，这些污染物在土壤中长期滞留，一旦超出了土壤自身的净化能力，就会造成土壤污染。
主要危害
破坏土壤微生态平衡，土壤有益微生物大量死亡，土壤的物理、化学和生物性状逐渐恶化，土壤功能性变差。
七、连作障碍
土壤菌群（有益菌和有害菌）原本处于一个相对平衡的状态，当连续种植时，化肥农药的不断投入，植物化感物的不断积累，都会使得有害菌的数量逐年积累，而有益菌的数量逐年减少，最终导致菌群平衡被破坏
主要危害
植株抵抗力减弱，土壤病虫害发生严重，果蔬的产量及品质严重降低