一、缓解植物生理性缺水，提高抗盐碱能力
1、菌根扩大了植物根系的吸收面积，增加了植物对水分的吸收；另外在形成菌根的过程中，植物根系分生组织活性受到抑制，根系改变了原有的形态，不定根和侧根数量增多，且根系活力增加，从而根系的吸水能力得到增强，缓解了植物在盐碱条件下的生理缺水。
2、形成菌根后，根系中可溶性糖含量增加，以提高根系的渗透压，增强根系吸水能力；同时形成菌根还能降低植物叶片中丙二醛（MDA）含量，提高叶片水势，缓解盐害。
二、减轻盐碱对植物细胞膜及各种酶的毒害作用
1、植物在受到盐害时，细胞膜通透性会增加，细胞内物质会大量渗出，植物因此受害，植物受伤的程度可用丙二醛（MDA），自由基和过氧化氢的产生速率来表示，菌根能够减少他们的产生速率，减少盐害对细胞膜和各种酶的损伤。
2、菌根能够提高GSH-Px酶活性。GSH—Px酶是一种氧自由基捕获剂，其活性的高低是判断植物在逆境胁迫下防御活性氧伤害的主要指标之一。它可通过催化谷胱甘肽(GsH)与过氧化物(如HO和ROOH)的反应来减少类囊体磷脂的氧化。从而具有防止膜脂过氧化及缓解细胞膜伤害的作用
三、改善植物的营养亏缺情况
1、在磷缺乏的条件下，磷素营养的改善是植物增加抗盐能力的关键。菌根的形成能够大幅度增强植物对土壤中磷的吸收和运输能力。
2、植株体内Na+的浓度主要受P的吸收量的影响和控制，具体来说，植株对P的吸收量的增加会导致对Na+吸收的减少。土壤中占全磷20％～80％的有机磷是植物磷素的潜在的重要
磷源，它在各种磷酸酶的作用下矿化为无机磷才能被植物和其它微生物吸收。而菌根真菌的一个重要作用就是能分泌磷酸酶，来活化土壤中的有机磷，从而增强宿主对土壤有机磷库的利用。
四、改善盐碱土壤中作物体内的各种离子平衡
1、植物耐盐机理的实质是Na+离子与其它离子的代谢关系问题，菌根通过增加对K+元素的吸收量，提高K+/Na+比值，降低Na+的相对含量，改善离子平衡来增加植株抗性。
2、在木本植物中，Cl-通过改变膜油脂组成以及修正膜渗透性，进而改变植株对Na+的吸收和利用状况。菌根菌能够减少Cl-积累，提高自身离子平衡。