一、改良土壤结构
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。
腐殖化过程：各种有机化合物通过微生物的合成和在原植物组织中的聚合转变为组织和结构比原来有机化合物更为复杂的新的有机化合物，这一过程称为腐殖化过程。
二、提高土壤养分
微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。
矿化作用：土壤有机质在土壤微生物及其酶的作用下，分解成二氧化碳和水，并释放出其中养分的过程。
三、降解污染残留
微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。
四、减少土传病害
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行“解毒”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量
五、提高肥料利用率
微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。